Le fort Lupin est l'un des éléments du vaste système défensif des forts de la Rade imaginé par les ingénieurs du roi entre le XVII et le XVIII pour contrôler et défendre l'accès à l'Arsenal Royal de Rochefort.
La construction du Fort Lupin sera programmée dès 1683. L'ingénieur François Ferry dessinera les premiers plans d'un fort beaucoup plus important par ses dimensions. Ferry soumettra ses plans à Vauban, alors commissaire général des fortifications. Vauban qui était un homme très économe et très soucieux des deniers du royaume corrigera ces plans afin de créer une place forte plus petite mais mieux conçue.